Semestre 5

GENETIQUE MOLECULAIRE

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Objectif :

Comprendre les bases moléculaires du polymorphisme des génomes.

Contenu :

1-  Mutabilité de l’ADN
: Organisation et variabilité des génomes, altérations de l’ADN

2-  Mécanismes de réparation des lésions de l’ADN :
Réparations directes, réparations par excision, tolérance aux lésions

3-  Recombinaison génétique :
Recombinaison homologue, site spécifique, illégitime et VDJ

4- Transposition : 
Eléments transposables procaryotes
Eléments transposables eucaryotes
Mécanismes de transposition
Impact des éléments transposables sur les génomes

Compétences :

Appréhender la variabilité génétique inter- ou intra-spécifique et maîtriser les différents champs d’application.

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Responsable de l’UE : Jean-Claude Salvado, jean-claude.salvado@univ-pau.fr

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Biblio-/Webo- graphie :

Pierce, Benjamin A.  L’essentiel de la génétique : présenté sous une forme à la fois condensée et claire  . Bruxelles : De Boeck, DL 2012, cop. 2012. 1 vol. (pagination multiple 536 p.). ISBN 978-2-8041-7138-4

DNA repair and mutagenesis  .  2nd edition. Washington, D.C. : ASM Press, cop. 2006. 1 vol. (XXIX-1118 p.). ISBN 1-555-81319-4

http://www.dnaftb.org/32/animation.html

BIOSTATISTIQUES 3

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Objectif : 

Introduire et développer les outils statistiques pour l’analyse de données biologiques et leur modélisation

Contenu :

Plans d’expérimentation et d’échantillonnage, indépendance des données.

Manipuler un jeu de données : tri, calcul de nouvelles variables, sous-parties d’un jeu de données.

Statistique descriptive pour des échantillons uni- et bivariés

• Représentations graphiques
• Paramètres de tendance centrale et de dispersion
• Tableaux de contingence

Estimation ponctuelle et par intervalle de confiance de paramètres.

Principe des tests statistiques

Comparaison d’un paramètre observé à une valeur théorique

Comparaison de plusieurs échantillons (moyenne, variance, proportions) pour des données indépendantes ou appariées (tests de comparaison, analyse de variance à un facteur).

Corrélation et régression linéaire simple.

Compétences :

Mettre au point un protocole d’échantillonnage ou expérimental adapté pour répondre à une question biologique.

À partir d’un jeu de données, choisir une méthode adaptée pour répondre à une question biologique uni- ou bi-variée, la mettre en œuvre avec un logiciel adapté et communiquer correctement le résultat.

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Responsable de l’UE : Charlotte Récapet, charlotte.recapet@univ-pau.fr

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Biblio-/Webo- graphie :

• Motulsky, Harvey J.  Biostatistique : une approche intuitive  .  2e édition. Paris : De Boeck, DL 2013, cop. 2013. 1 vol. (XIII-492 p.). ISBN 978-2-8041-6376-1
• Rousson, Valentin.  Statistique appliquée aux sciences de la vie  . Paris : Springer, DL 2013, cop. 2013. 1 vol. (XII-320 p.). ISBN 978-2-8178-0393-7
• Balan, Raluca ; Lamothe, Gilles.  Une introduction à la biostatistique : Prévoir l’imprévisible  . Québec, Canada : Presses de l’Université du Québec, 2012. 292 p. ISBN I978-2-7605-3489-6

SYSTEMATIQUE EVOLUTION DES VEGETAUX 

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Objectif :

Acquérir des connaissances sur l’histoire évolutive des végétaux. Appréhender la diversité du monde végétal. Acquérir des connaissances sur les principes et les méthodes de la systématique végétale. Acquérir des connaissances sur la classification actuelle des Embryophytes.

Contenu :

• Importance et intérêts (applications) de la systématique.
• Grandes lignes de l’évolution du monde végétal et place des grands groupes végétaux.
• Méthodes et principes de la systématique :
  • caractères taxonomiques
  • espèces et spéciation
  • construction d’une phylogénie et d’une classification
  • nomenclature botanique
  • établissement d’une clé d’identification…
• Classification phylogénétique des Embryophytes :
  • les « Bryophytes » (Marchantiophytes, Anthocérophytes, Bryales, Sphagnales)
  • les Trachéophytes ou plantes vasculaires :
    • les « Ptéridophytes » ou Trachéophytes à spores
    • les Spermatophytes et les Spermaphytes ou plantes à graines :
      • les « Gymnospermes » (Pinophytes)
      • les Angiospermes (Magnoliophytes)
• Initiation à l’étude qualitative de la flore et de la végétation (approche phytogéographique.

Compétences : A l’issue de cet enseignement, les étudiants doivent être capables d’appliquer des concepts et des méthodes de la systématique végétale à des problèmes de biologie et d’écologie concernant l’étude de la biodiversité, l’analyse de la végétation et la gestion des habitats.

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Responsable de l’UE : Emmanuel Desaegher,   emmanuel.desaegher@cneap.fr

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Biblio-/Webo- graphie :

• LECOINTRE, H. LE GUYADER. Classification phylogénétique du vivant. Belin, 2013, 560 p.
• S. JUDD, C.S. CAMPBELL, E.A. KELLOGG, P. STEVENS. Botanique systématique, une perspective phylogénétique. De Boeck Université, 2002, 467 p.
• RAYNALES-ROQUES. La botanique redécouverte. Belin, 2008, 512 p.
• Conservatoires botaniques nationaux
• MNHN INPN
• Tela Botanica

STRUCTURE ET FONCTIONNEMENT DES ECOSYSTEMES

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Objectif : 

Comprendre les concepts et outils d’analyse de la biodiversité, de ses déterminants et ses effets sur le fonctionnement des écosystèmes.

Contenu :

1. La biodiversité : définitions et quantification

– diversité intraspécifique phénotypique et génétique

– diversité spécifique : alpha et bêta

– diversité fonctionnelle : recouvrement de niche, analyse de réseaux trophiques

2. Déterminants de la biodiversité locale

– modèle neutraliste : la théorie de la biogéographie insulaire

– modèles d’interactions : la compétition et la prédation du point de vue démographique et évolutif

3. Effet de la biodiversité sur le fonctionnement des écosystèmes

– diversité et productivité

– diversité et stabilité

Compétences :

Choisir, calculer et interpréter des indices de biodiversité. Construire des expériences pour identifier les aspects du fonctionnement des écosystèmes en lien avec la biodiversité.

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Responsable de l’UE : Cédric Tentelier, cedric.tentelier@univ-pau.fr

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Biblio-/Webo- graphie :

Précis d’écologie, par R. Dajoz

Eléments d’écologie, par P. Ramade

Ecologie et biodiversité, par D. Couvet et A. Teyssèdre

Ecological methodology, par C.J. Krebs http://www.zoology.ubc.ca/~krebs/books.html

PHYSIOLOGIE ANIMALE 2

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Objectif : 

Approche comparative de grandes fonctions physiologiques dans le règne animal.

Contenu :

Respiration

Alimentation, digestion, absorption

Osmorégulation

Excrétion

Métabolisme énergétique

Compétences :

Acquisition de connaissances en physiologie comparée et physiologie appliquée (déterminisme, causes et effets)

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Responsable de l’UE : Valérie Bolliet, valerie.bolliet@univ-pau.fr

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Biblio-/Webo- graphie :

Eckert, Roger.  Physiologie animale : mécanismes et adaptations  . Paris : De Boeck université, impr. 1999. 1 vol. (XVII-822 p.). ISBN 2-7445-0053-4

Hilber, Pascal.  Physiologie animale : notions essentielles et modélisation du vivant  . Bruxelles : Éd. De Boeck université, DL 2012, cop. 2012. 1 vol. (79 p.). ISBN 978-2-8041-7155-1

ANGLAIS, COMMUNICATION

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Objectif : 

Renforcement des compétences langagières en production orale et écrite

Rédaction de CV et de lettres de motivation
Contenu :

Prise de parole et compréhension du discours en anglais de spécialité

Rédaction et compréhension de textes en anglais de spécialité

Compétences :

Expression écrite et orale en anglais de spécialité, compréhension d’articles scientifiques, réalisation d’exposés, rédaction de rapports

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Responsable de l’UE : Olivier Hofmann, olivier.hofmann@univ-pau.fr

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Biblio-/Webo- graphie :

UE transverse

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Objectif : 

Contenu :

Selon UE transverse choisie.

Compétences :

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Responsable de l’UE : Selon UE transverse choisie.

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Biblio-/Webo- graphie : Selon UE transverse choisie.