Semestre 1

BIOLOGIE CELLULAIRE 1

---

---

Objectif : Analyser les différents niveaux de l’organisation du vivant et de son fonctionnement à l’échelle de la cellule.
Contenu :

1. Les différents niveaux d’organisation d’un être vivant
   • Cellules et molécules du vivant
   • Les tissus
   • Systèmes organiques (organes et appareils)
2. Organisation des cellules procaryotes
   • Paroi
   • Membrane plasmique
   • Cytoplasme et génome
3. La cellule eucaryote et ses compartiments
   • Membrane plasmique et transport
   • Réticulum endoplasmique, appareil de Golgi et lysosomes
   • Noyau (chromatine, réplication, transcription)
   • Cytoplasme (synthèse des protéines)
   • Mitochondries et chloroplastes
   • Division cellulaire

Compétences : Connaissance de l’organisation et du fonctionnement des cellules procaryotes et eucaryotes.

---

Responsable de l’UE : Nacira Merchermek, nacira.merchermek@univ-pau.fr

---

Biblio-/Webo- graphie :

Alberts, Bruce M. ; Bray, Dennis.  L’essentiel de la biologie cellulaire : introduction à la biologie moléculaire de la cellule  . Paris : Médecine-sciences Flammarion, cop. 1999. 1 vol. (XXII-630-110 p.). ISBN 2-257-15117-8

Callen, Jean-Claude ; Perasso, Roland.  Biologie cellulaire : Des molécules aux organismes.  2e édition. Paris, France : Dunod, 2005. 512 p. ISBN I978-2-10-049236-7

Robert, Daniel ; Vian, Brigitte.  Éléments de biologie cellulaire  .  4e édition. Rueil-Malmaison : Doin, impr. 2013, cop. 2013. 1 vol. (XVI-446 p.). ISBN 978-2-7040-1374-6

EMBRYOLOGIE

---

---

Objectif : Connaître les modalités de la mise en place, au cours du développement embryonnaire, du plan d’organisation chez les grands groupes animaux. Acquérir des notions de biologie du développement qui trouveront leur suite logique en biologie et physiologie animales, en anatomie comparée, en phylogénie…
Contenu :

Embryologie descriptive de différents représentants des métazoaires : détails des étapes de fécondation, segmentation, gastrulation, et organogenèse ; stades larvaires, métamorphose. Points communs et variations d’un groupe à l’autre.

Compétences :

Comprendre que les connaissances scientifiques ne sont pas définitives, mais en constante évolution

Identifier les éléments qui caractérisent une démarche scientifique (observation, expérimentation, modélisation…)

Prendre conscience qu’un paradigme scientifique est souvent fortement ancré dans les idées d’une époque, d’une société, y compris actuellement.

---

Responsable de l’UE : Dorothée Sassier, dorothee.sassier@univ-pau.fr

---

Biblio-/Webo- graphie :

Atlas d’embryologie descriptive, J.Foucrier, R.Franquinet, (2013), éditions Dunod

Biologie du développement, A.Le Moigne, J.Foucrier, 2009, éditions Dunod

INTRODUCTION AUX GEOSCIENCES

---

---

Objectif : 

A travers différentes disciplines relevant de la géologie (géochimie, sismologie, cartographie…), acquérir des connaissances de base sur la nature et la structure du globe ainsi que des méthodes d’analyse essentielles.
Contenu :

Du minéral à la roche : Systèmes cristallins, familles de minéraux ; les différents types de roches exogènes et endogènes.

Dater et ordonner les roches :

Datation relative : Principes de datation relative ; notion de fossile stratigraphique, biozone.

Radiochronologie : principaux couples d’éléments et leur utilisation ; âge radiométrique d’une roche.

Tableau chronostratigraphique : corrélations stratigraphiques, stratotypes d’unité et de limite (GSSP).

Structure de la Terre interne :

Sismologie et établissement du modèle PREM : discontinuités majeures, LVZ

Cartographie (niveau1) :

Les données d’une carte géologique ; première approche d’une coupe géologique

Compétences :

Savoir caractériser une roche en première approche : nature, origine, âge.

Comprendre la construction du tableau international chronostratigraphique

Interpréter des données sismologiques pour établir la structure des roches profondes

Comprendre les informations d’une carte géologique, les utiliser pour réaliser une coupe interprétative des terrains

---

Responsable de l’UE : Dorothée Sassier,  dorothee.sassier@univ-pau.fr

---

Biblio-/Webo- graphie :

Géologie : Objets, méthodes et modèles, Dercourt J., Paquet J.,2006 – Dunod éditions

Eléments de géologie, 15^e édition du pomerol, Renard M., Lagabrielle Y., Martin E., Rafelis Saint Sauveur M. (2015) Dunod éditions

Hydrogéologie : objets, méthodes, applications, Gili E., Mangan C., Mudry J-N., (2012) Dunod édition

METHODOLOGIE DU TRAVAIL UNIVERSITAIRE

---

---

Objectif : 

Découvrir le fonctionnement du cerveau pour améliorer l’efficacité de son travail à l’université

Contenu :

Introduction : quelques bases du fonctionnement cérébral de l’apprentissage et de l’attention

1) Gérer sa concentration en cours

2) Apprendre efficacement

3) Comprendre les consignes

4) Rétroplanning de révision

Compétences :

(en construction)

---

Responsable de l’UE : Faustine Bacchus, faustine.bacchus@univ-pau.fr

---

Biblio-/Webo- graphie :

PROBABILITES STATISTIQUES

---

---

Objectif : 

Acquérir des notions de base de statistique descriptive et de calcul des probabilités associées à des phénomènes aléatoires simples.

Contenu :

Statistique descriptive univariée à l’aide d’un tableur

• Variable quantitative, variable qualitative
• Répartition par modalités ou par intervalles de valeurs
• Représentations graphiques
• Valeurs caractéristiques d’une distribution statistique (indicateurs de position et de dispersion)

Probabilités

• Expérience aléatoire, évènements
• Variables aléatoires
• Loi de probabilité (discrète, continue), Fonction de répartition
• Espérance mathématique, variance
• Lois de probabilités usuelles (Bernoulli/binomiale/géométrique ?, Poisson/exponentielle ?, uniforme, normale)

Statistique inférentielle

• Fluctuations d’échantillonnage
• Intervalles de confiance pour les grands échantillons (moyenne, proportion, variance ?)

Compétences :

Utiliser un tableur pour décrire une série de données par des tableaux, graphiques et indicateurs numériques.

Calculer et interpréter un intervalle de confiance pour un grand échantillon.

Utiliser le formalisme des probabilités simples pour décrire une situation réelle.

Apporter des réponses chiffrées à des questions de probabilités.

---

Responsable de l’UE : Noelle BRU, noelle.bru@univ-pau.fr

---

Biblio-/Webo- graphie :

MATHEMATIQUES POUR LA BIOLOGIE 1

---

---

Objectif : 

Analyse L1 : rappels, mise à niveau, compléments
Contenu :

• Rappels sur les fonctions usuelles : logarithmes, exponentielles, puissances .
• Dérivation et intégration.
• Equations du second degré
• Suites numériques.
• Equations différentielles linéaires du premier ordre
• Calcul matriciel

Compétences :

Maîtriser les notions de base en mathématique pour analyser des phénomènes biologique simple.

---

Responsable de l’UE : Vincent BREE, vincent.bree@univ-pau.fr

---

Biblio-/Webo- graphie :

David, Claire ; Mustapha, Sami.  Mathématiques pour les sciences de la vie : tout le cours en fiches : licence, prépas, Capes  . Paris : Dunod, DL 2014, cop. 2014. 1 vol. (XIII-511 p.). ISBN 978-2-10-059977-6

PHYSIQUE-CHIMIE POUR LA BIOLOGIE 1

---

---

Objectif : 

Acquérir les bases fondamentales pour la compréhension de la structure des molécules biologiques en fonction des propriétés spécifiques des entités chimiques qui les constituent (polarité, polarisabilité…). Reconnaitre macroscopiquement les fonctions organiques impliquées dans les mécanismes du vivant.

Utiliser la classification périodique des éléments : extraction des informations qu’elle contient, prévision de la réactivité des corps simples, prévision de la nature des liaisons chimiques dans les corps composés, etc. On se limite aux principales caractéristiques de la liaison chimique, à l’exclusion de modèles plus élaborés.

Contenu :

1. L’atome : modèles historiques – Utilisation du modèle de Bohr – Architecture et lecture du tableau périodique
2. Fonctions organiques : représentation des liaisons – Le modèle de Lewis
3. Géométrie des molécules (méthode VSEPR) : stéréochimie
4. Interactions intermoléculaires : Évolution des propriétés au sein de la classification (Polarité – Polarisabilité ) – Interactions de Van der Waals – Liaison hydrogène
5. Forces intermoléculaires et structure des protéines

Compétences :

À la fin de cette UE, vous serez capable de :

– Utiliser la classification périodique des éléments pour déterminer les électrons de valence d’un atome, d’un ion et déterminer les isotopes d’un élément chimique.

– Utiliser la définition de période radioactive

– Construire une entité polyatomique avec le modèle de Lewis

–  Reconnaître les groupes fonctionnels courants, ainsi que les fonctions chimiques associées.

– Dessiner une molécule d’après son nom en nomenclature systématique, (et connaître quelques noms systématiques pour des molécules telles que le benzène par exemple).

– Prévoir la géométrie d’une molécule par la méthode VSEPR ; écrire des formes mésomères

– Utiliser les représentations spatiales des molécules (Cram, Fischer pour les oses et acides aminés) ;

– Définir la stéréoisomérie de conformation et la stéréoisomérie de configuration et les différencier ;

– Définir un atome de carbone asymétrique et le terme chiral ;

– Définir et utiliser les règles de Cahn, Ingold et Prélog ;

– Définir, identifier et représenter les descripteurs stéréochimiques R/S et Z/E (et cis/trans) ;

– Définir, identifier et représenter les relations entre stéréoisomères de configuration : énantiomérie et diastéréoisomérie ;

– Mener un raisonnement logique à partir des effets électroniques pour expliquer la réactivité d’une entité chimique ;

– Vous approprier les outils de description des entités chimiques (liaison, géométrie, polarité, notion de nuage électronique, polarisabilité….)

– Établir des corrélations entre certaines propriétés physiques de la matière et la structure électronique des atomes/molécules

– Établir un lien entre l’état de la matière et les forces d’interaction intermoléculaires

– Comprendre l’effet des forces intermoléculaires sur la structure des molécules biologiques (acides aminés, protéines …)

---

Responsable de l’UE : Florence NIQUET,  florence.niquet@univ-pau.fr, Pascale LEGLAYE pascale.leglaye@univ-pau.fr, Peio MOCHO pierre.mocho@univ-pau.fr

---

Biblio-/Webo- graphie :

ANGLAIS

---

---

Objectif : 

Acquérir une langue pratique et vivante dans un but professionnel à caractère scientifique.
Contenu :

Etude de documents à tendance scientifique authentiques ou adaptés pour

• un entraînement à la compréhension écrite.
• Susciter la prise de parole aussi souvent que possible en choisissant des sujets déclencheurs. Travail sur la phonétique et l’intonation, en laissant toutefois la priorité à la production orale motivée même imparfaite…
• L’acquisition du vocabulaire scientifique de base (étude systématique, traduction…)

Renforcer les connaissances grammaticales (retour sur quelques notions fondamentales.)

Compétences :

Expression écrite et orale en anglais de spécialité.

---

Responsable de l’UE : Olivier Hofmann, olivier.hofmann@univ-pau.fr

---

Biblio-/Webo- graphie :

CHIMIE ORGANIQUE (avancée)

---

---

Objectif : 

Cette UE vient en complément de l’UE Physique Chimie pour la biologie, elle permet un approfondissement des notions utiles à la réactivité en chimie organique.

Contenu :

Chapitre 1 : effets électroniques dans les molécules organiques

• effets inductifs
• effets mésomères

Chapitre 2 : la réaction en chimie organique

• les grands types de réaction (substitution, addition, élimination…)
• les intermédiaires réactionnels (carbocation, carbanion, radical)

Chapitre 3 : étude de la réactivité de quelques fonctions monovalentes (Substitutions et Éliminations)

Compétences :

A la fin de cette UE, vous serez capable de :

• définir les termes courants utilisés en chimie pour définir la réactivité d’une entité (acide, base, nucléophile, électrophile, oxydant, réducteur…..) ;
• mener un raisonnement logique à partir des effets électroniques pour expliquer la réactivité d’une entité chimique ;
• écrire des formes mésomères ;
• reconnaître une réaction d’addition, de substitution, d’élimination, d’oxydation, de réduction ;
• savoir écrire le mécanisme S_N1 et S_N2 et connaître quelques conditions d’observation de chacun de ces mécanismes ;
• savoir écrire le mécanisme E1 et E2 et connaître quelques conditions d’observation de chacun de ces mécanismes.

---

Responsable de l’UE : Pascale Leglaye,  pascale.leglaye@univ-pau.fr

---

Biblio-/Webo- graphie :

Cours de chimie organique, Paul Arnaud , Dunod

Introduction à la chimie Organique, Harold Hart , Jean Marie Conia, Dunod

INFORMATIQUE ET CERTIFICATION PIX

---

---

Objectif :

Donner des compétences dans le domaine des technologies de l’information et de la communication et être capables de faire évoluer ces compétences en fonction des développements technologiques.

Préparation à la certification PIX.
Contenu :

– notions de base sur le matériel informatique

– système d’exploitation (windows)

– notions de base sur la protection d’un ordinateur (antivirus, pare-feu …)

– les principaux outils bureautiques (word, excel).

Compétences :

Maîtriser les outils informatiques de bureautique.

---

Responsable de l’UE : Michael CHELOUTDCHENKO, mikaprod@gmail.com

ANIMATION SCIENTIFIQUE

---

---

Objectif :

Contenu :

Compétences :

---

Responsable de l’UE : Virginie Bouetel, virginie.bouetel@gmail.com

---

Biblio-/Webo- graphie :