Semestre 3

BIOCHIMIE

Objectif :

Connaître la structure et les fonctions des macromolécules biologiques, les voies principales du métabolisme intermédiaire et le mode de fonctionnement des enzymes

Contenu :

Structure, propriété et fonction des molécules biologiques (protéines, glucides, lipides, acides nucléiques)

Bioénergétique (variation d’énergie libre, potentiels d’oxydo-réduction, couplages énergétiques)

Métabolisme énergétique (glycolyse et fermentations, oxydation des acides gras, cycle de Krebs, chaîne respiratoire et phosphorylation oxydative)

Enzymologie (catalyse et cinétique enzymatiques, inhibiteurs compétitifs, non compétitifs et incompétitifs, allostérie)

Compétences :

Reconnaître les molécules biologiques. Maîtriser le principe des méthodes analytiques de la biochimie. Prédire le sens des réactions biochimiques. Mesurer l’activité des enzymes.

Responsable de l’UE : Faustine Bacchus, faustine.baccus@univ-pau.fr

Biblio-/Webo- graphie :

Berg, Jeremy Mark ; Tymoczko, John L.  Biochimie  .  7e édition. Paris : Médecine Sciences Publications-Lavoisier, DL 2013, cop. 2013. 1 vol. (XXXII-1054-134 p.). ISBN 978-2-257-20427-1

Harper, Harold Anthony.  Biochimie de Harper  .  5e édition. Bruxelles : De Boeck, DL 2013, cop. 2013. 1 vol. (XII-848 p.). ISBN 978-2-8041-7561-0

Weil, Jacques-Henry.  Biochimie générale : cours et questions de révision  .  11e édition. Paris : Dunod, impr. 2009. 1 vol. (XXII-760 p.). ISBN 978-2-10-053010-6

Principles of Biochemistry

ECOLOGIE DES POPULATIONS

Objectif : 

Comprendre les bases de la dynamique des populations et illustrer quelques aspects de la biologie des populations.
Contenu :

Partie I : Dynamique des populations

La croissance exponentielle (parcimonie, temps continu, temps discret)

La croissance logistique (régulation densité-indépendante et densité-dépendante, temps continu, temps discret)

Les modèles structurés en classes (suivi de cohortes : fécondité, survie, cycles de vie, modèle dynamique matriciel)

Partie II : Biologie des populations

L’effort reproducteur (survie/fécondité, syndromes r et K, traits d’histoire de vie, des phénotypes adaptés)

Le sex ratio : importance écologique

La dispersion (coûts et bénéfices évolutifs ; causes proximales, génétiques et environnementales ; conséquences sur le fonctionnement de la population)

Compétences :

Capacité à comprendre et à produire une formalisation mathématique (modèles) de la réalité biologique.

Capacité à faire le lien entre des phénomènes observables à deux niveaux d’organisation du vivant : phénotypes individuels et dynamique et évolution des populations

Responsable de l’UE : Frank D’Amico, frank.damico@univ-pau.fr

Biblio-/Webo- graphie :

Ricklefs, Robert E ; Miller, Gary Leon.  Ecologie  . Bruxelles : De Boeck, DL 2005, cop. 2005. 1 vol. (XXII-821 p.). ISBN 2-7445-0145-X

BIOLOGIE MOLECULAIRE

Objectif : 

Connaître et comprendre l’organisation et le fonctionnement des génomes.

Contenu :

Organisation, expression et régulation de l’information génétique :

Organisation de l’information génétique chez les procaryotes et les eucaryotes (structure des chromosomes)

• Réplication de l’ADN (analyse expérimentale du processus)
• Transcription (promoteurs, élongation, terminateurs, ARN polymérases)
• Traduction (analyse fonctionnelle du processus, code génétique)

Régulation de l’expression des gènes (opéron lactose, répression catabolique, atténuation, les différents niveaux de régulation eucaryotes)

Compétences :

Maîtrise des concepts fondamentaux de la biologie moléculaire. Connaissance des méthodes expérimentales qui ont permis de les établir.

Responsable de l’UE : Faustine Bacchus,  faustine.baccus@univ-pau.fr

Biblio-/Webo- graphie :

Lodish, Harvey ; Berk, Arnold.  Biologie moléculaire de la cellule  .  4e édition. Bruxelles : De Boeck, DL 2014, cop. 2014. 1 vol. (XXXV-1154-49 p.). ISBN 978-2-8041-8471-1

http://www.dnaftb.org

http://www.chups.jussieu.fr/polys/biochimie/BMbioch/index.html

BIOSTATISTIQUE 2

Objectif : 

Acquérir des notions de probabilités conditionnelles et maîtriser la statistique descriptive et inférentielle appliquée à un ou deux échantillons.

Contenu :

Probabilités

• Probabilités conditionnelles
• Indépendance
• Loi de Bayes

Statistique descriptive bivariée à l’aide d’un tableur et d’un logiciel statistique (logiciel R)

• Tableaux de contingence
• Représentations graphiques bivariées
• Calcul d’indicateurs numériques pour différentes sous-partie d’un jeu de données

Statistique inférentielle

• Tests de comparaison d’une valeur observée à une valeur théorique (moyenne, variance, proportion)
• Test d’adéquation à la loi normale
• Intervalles de confiances d’une différence de moyennes et de proportions

Tests de comparaison de deux valeurs observées (moyenne, variance, proportion)

Compétences :

Utiliser le formalisme des probabilités conditionnelles pour décrire une situation réelle.

Apporter des réponses chiffrées à des questions de probabilités conditionnelles.

Décrire et analyser un variable qualitative ou quantitative observée dans un échantillon.

Comparer une variable qualitative ou quantitative entre deux échantillons.

Responsable de l’UE : Benoit Liquet, benoit.liquet@univ-pau.fr

Biblio-/Webo- graphie :

ANGLAIS

Objectif : 

Acquérir une langue pratique et vivante dans un but professionnel à caractère scientifique.

Contenu :

Etude de documents à tendance scientifique authentiques ou adaptés pour

• un entraînement à la compréhension écrite.
• Susciter la prise de parole aussi souvent que possible en choisissant des sujets déclencheurs. Travail sur la phonétique et l’intonation, en laissant toutefois la priorité à la production orale motivée même imparfaite…
• L’acquisition du vocabulaire scientifique de base (étude systématique, traduction…)

Renforcer les connaissances grammaticales (retour sur quelques notions fondamentales.)

Compétences :

Expression écrite et orale en anglais de spécialité.

Responsable de l’UE : Olivier Hofmann, olivier.hofmann@univ-pau.fr

Biblio-/Webo- graphie :

UE transverse S3

Objectif : 

Contenu :

Selon UE transverse choisie.

Compétences :

Responsable de l’UE : Selon UE transverse choisie.

Biblio-/Webo- graphie : Selon UE transverse choisie.

ETHOLOGIE 1

[Attention, cette UE optionnelle ne sera pas ouverte en 2024-2025]

Objectif : 

Utiliser l’éthologie comme illustration de concepts et de méthodes appliquées dans divers domaines scientifiques.

Contenu :

Introduction : présentation de l’étude scientifique du comportement. Les démarches inductive et hypothético-déductive en sciences.

1) Les types de questions en éthologie : les 4 « pourquoi ? » de Tinbergen.

2) Le hypothèses et les prédictions : rôle de la modélisation.

3) Méthodes d’observation du comportement : adapter les méthodes à la question posée et aux contraintes du système biologique étudié.

4) Représentation des résultats : les méthodes graphiques et statistiques permettant de passer des données brutes à la connaissance.

Chaque partie du cours est illustrée par des TD basés des études scientifiques, lors desquels on commente à la fois les modèles théoriques, les méthodes et les résultats expérimentaux.

En contrôle continu, les étudiants doivent illustrer les concepts vu en cours à partir de recherches bibliographiques sur un comportement de leur choix. Ils présentent leur travail en groupe, à l’oral.

Compétences :

Méthodes d’étude scientifique et signification biologique des comportements documentés.

Responsable de l’UE : Cédric Tentelier,  cedric.tentelier@univ-pau.fr

Biblio-/Webo- graphie :

McFarland, David.  Le comportement animal : psychobiologie, éthologie et évolution  .  3e édition. Bruxelles : De Boeck, DL 2009, cop. 2009. 1 vol. (613 p.). ISBN 978-2-8041-0709-3

Giraldeau, Luc-Alain ; Dubois, Frédérique.  Le comportement animal : cours, méthodes et questions de révision  .  2e édition. Paris : Dunod, DL 2015, cop. 2015. 1 vol. (XII-242 p.). ISBN 978-2-10-072360-7

Ecologie comportementale, de E. Danchin, L.A. Giraldeau, F. Cézilly

PERCEPTION SENSORIELLE DE L’ENVIRONNEMENT

Objectif :

Aborder la perception sensorielle chez les animaux terrestres et les différents modes de communication.

Contenu :

Perception chimique :

– Production et mécanismes de perception de substances chimiques

– Communication chimique et comportement.

Perception sonore :

– Production et mécanismes de perception des sons

– Communication sonore et comportement.

Perception tactile :

– Mécanismes de perception des vibrations, du toucher, de la vitesse et des mouvements.

– Communication tactile et comportement.

Perception visuelle :

– Mécanismes de perception des signaux visuels.

– Communication visuelle et comportement.

Compétences :

Connaissances de base en physiologie sensorielle chez les animaux. Capacité à comprendre en quoi la perception sensorielle permet à l’animal d’interagir avec son environnement.

Responsable de l’UE : Valérie Bolliet, valerie.bolliet@univ-pau.fr

Biblio-/Webo- graphie :

Tanzarella, Stéphane.  Perception et communication chez les animaux  . Bruxelles : De Boeck, DL 2006, cop. 2006. 1 vol. (334 p.). ISBN 978-2-8041-4896-6

STRATEGIES DE REPRODUCTION

Objectif : 

Agréger des concepts et des méthodes de plusieurs disciplines (éthologie, physiologie, biologie évolutive) autour d’un but commun : décrire et expliquer la diversité des stratégies de reproduction chez les animaux.

Contenu :

1. La diversité interspécifique des stratégies de reproduction
2. La temporalité de la reproduction
3. La variabilité intraspécifique des tactiques de reproduction

Les concepts généraux seront présentés lors des cours. Les travaux dirigés porteront sur des études de cas qui seront abordés sous différents angles, via l’étude d’articles scientifiques.

Compétences :

Les compétences acquises lors de cet enseignement seront l’analyse de documents scientifiques, la construction de modèles d’évolution du comportement reproducteur.

Responsable de l’UE : Cédric Tentelier,  cedric.tentelier@univ-pau.fr ; Valérie Bolliet,  valerie.bolliet@univ-pau.fr

Biblio-/Webo- graphie :

SOLS ET AGRONOMIE

Objectif : 

(en construction)

Contenu :

On s’intéressera à la richesse et l’équilibre des sols naturels (structure, biodiversité…), et on interrogera les pratiques culturales :

Quelle est la place du sol dans les écosystèmes exploités (agrosystèmes, forêts exploitées,…) ?

Qu’est-ce qui différencie agriculture conventionnelles, agriculture bio, raisonnée, agroécologie, agroforesterie… ?

Les sols sont de plus en plus dégradés (érosion, pollution…) or ils sont un enjeu majeur dans les écosystèmes terrestres, exploités ou non.

Une sortie sur le terrain viendra illustrer les notions vues en cours et en TD

Compétences :

(en construction)

Responsable de l’UE : Dorothée Sassier, dorothee.sassier@univ-pau.fr

Biblio-/Webo- graphie :

(en construction)

HYDROLOGIE

Objectif :

(en construction)

Contenu :

Compétences :

(en construction)

Responsable de l’UE : Dorothée Sassier, dorothee.sassier@univ-pau.fr

Biblio-/Webo- graphie :

(en construction)

CHIMIE DES SOLUTIONS 2

Objectif : 

L’objectif de l’enseignement est l’acquisition de connaissances fondamentales en chimie des solutions aqueuses. La maîtrise des équilibres élémentaires de la chimie des solutions et de la chimie analytique permet d’appréhender la chimie de milieux plus complexes comme les milieux naturels (écosystèmes aquatiques, milieux physiologiques…).

Ainsi, cet enseignement a pour objectif la maîtrise des outils scientifiques permettant de comprendre, d’analyser et de prévoir l’évolution de la composition physico-chimique d’un milieu aqueux. Les applications de cet enseignement sont ainsi très diverses et l’on peut citer, par exemple, la chimie des eaux naturelles, la chimie environnementale, le traitement des eaux, la chimie industrielle, le stockage d’énergie (énergies renouvelables), la dissolution des roches, la corrosion, ainsi que des applications dans le milieu médical ou pharmaceutique.
Contenu :

Le contenu de l’enseignement se répartit sur les deux premières années universitaires (L1PC et L2PC). Le contenu du programme de L2PC est le suivant :

. Les équilibres de complexation ;

. Les équilibres de précipitation – dissolution ;

. Les diagrammes Potentiel – pH (diagrammes de Pourbaix) – Application aux études de corrosion uniforme ;

. La potentiométrie à courant nul.

Compétences :

Maîtriser les équilibres élémentaires de la chimie des solutions et de la chimie analytique ;

Prévoir les réactions acido-basiques et d’oxydo-réduction en solution aqueuse ;

Savoir calculer le pH et le potentiel rédox d’une solution aqueuse à l’équilibre ;

Comprendre et interpréter un dosage complexométrique ou un dosage par précipitation.

Comprendre et prévoir la corrosion uniforme d’un matériau.

Responsable de l’UE : Beñat Delanghe, bernard.delanghe@univ-pau.fr

Biblio-/Webo- graphie :

Kotz, John C. ; Treichel, Paul M.  Chimie des solutions  . Bruxelles : De Boeck, DL 2006. 1 vol. (XII-358 p.). ISBN 978-2-8041-5232-1

Fabre, Paul-Louis.  Chimie des solutions : résumés de cours et exercices corrigés  .  Nouvelle édition. Paris : Ellipses, DL 2010. 1 vol. (262 p.). ISBN 978-2-7298-5429-4

INFORMATIQUE ET CERTIFICATION PIX

Objectif :

Donner des compétences dans le domaine des technologies de l’information et de la communication et être capables de faire évoluer ces compétences en fonction des développements technologiques. préparation à la certification PIX

Contenu :

– notions de base sur le matériel informatique

– système d’exploitation (windows)

– notions de base sur la protection d’un ordinateur (antivirus, pare-feu …)

– les principaux outils bureautiques (word, excel).

Compétences :

Maîtriser les outils informatiques de bureautique.

Responsable de l’UE : Michaël CHELOUDTCHENKO, mika.prod@gmail.com

Biblio-/Webo- graphie :

STAGE EN ENTREPRISE

Objectif :

Faire découvrir le fonctionnement d’une entreprise, les secteurs d’activités dans lesquels s’inscrit l’activité de l’entreprise et les différentes fonctions occupées par le personnel. L’étudiant devra également s’insérer dans le groupe et participer au mieux à la vie de l’entreprise.

Contenu :

Le stage, conventionné,  peut s’effectuer soit par anticipation dans la période d’été entre la 1ère et la deuxième année, soit au cours du 3^ème semestre. La durée minimale est de 2 semaines et la durée maximale est de 4 semaines.

Au retour du stage, l’étudiant rédigera un rapport d’activité et effectuera une présentation orale de 30 minutes environ (15 minutes de présentation + 15 minutes de questions) devant un jury composé du responsable de l’année de formation, du responsable de l’unité d’enseignement et du Maître de stage en entreprise.

Compétences :

S’insérer dans une équipe de travail et mettre en application les compétences théoriques acquises

Responsable de l’UE : Faustine Bacchus, faustine.bacchus@univ-pau.fr

Biblio-/Webo- graphie :