Semestre 4

MICROBIOLOGIE

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Objectif :

Connaître la systématique des bactéries et des champignons, les modes de nutrition et de reproduction des microorganismes et le rôle des microorganismes dans le fonctionnement des écosystèmes.

Contenu :

Mycologie

• Classification des champignons (myxomycotines, eumycotines, …)
• Modes de vie et de reproduction des champignons
• Relations trophiques (décomposeurs, symbiotes, pathogènes…)

Bactériologie

• Biodiversité bactérienne
• Nutrition et métabolismes bactériens
• Croissance et contrôle des bactéries
• Bases d’écologie microbienne

Génétique bactérienne

Transferts génétiques (conjugaison, transformation, transduction)

Compétences :

Maîtrise des concepts fondamentaux de la génétique et des outils de base de l’analyse génétique.

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Responsable de l’UE : Faustine Bacchus, faustine.bacchus@univ-pau.fr

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Biblio-/Webo- graphie :

Prescott, Lansing M. ; Willey, Joanne M.  Microbiologie  .  4e édition. Bruxelles : De Boeck, DL 2013, cop. 2013. 1 vol. (XX-1070-109 p.). ISBN 978-2-8041-8039-3

Garon, David ; Guéguen, Jean-Christophe.  Biodiversité et évolution du monde fongique  . Les Ulis : EDP Sciences, DL 2015, cop. 2015. 1 vol. (XIX-207 p.). ISBN 978-2-7598-1761-0

http://www.life.umd.edu/classroom/bsci424/BSCI223WebSiteFiles/LectureList.htm

PHYSIOLOGIE VEGETALE

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Objectif :

Acquérir les bases concernant la nutrition, la croissance et le développement chez les végétaux (Trachéophytes principalement)

Contenu :

Nutrition

Nutrition hydrique : rôles de l’eau, absorption, circulation et émission d’eau chez les Trachéophytes. Fonctionnement stomatique. Nutrition minérale : mécanismes d’absorption et rôles des principaux éléments minéraux, assimilation et métabolisme de l’azote, symbiose Rhizobium-Légumineuse.

Nutrition carbonée : considérations écophysiologiques, structure du chloroplaste, phase claire (schéma Z, photophosphorylations) et phase sombre (cycle de Calvin) de la photosynthèse, photosynthèse en C3, en C4 et métabolisme CAM.

Devenir des produits du cycle de Calvin.

Photorespiration.

Croissance et développement

Méristèmes et architecture végétale

Les phytohormones et leurs rôles

Paroi et croissance cellulaire

Germination et développement des graines

Compétences :

Maîtrise des concepts fondamentaux de la nutrition, de la croissance et du développement des végétaux trachéophytes, à l’échelle moléculaire, cellulaire et macroscopique.

Connaissance des méthodes expérimentales qui ont permis de les établir.

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Responsable de l’UE : Dorothée Sassier, dorothee.sassier@univ-pau.fr

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Biblio-/Webo- graphie :

Biologie végétale : Nutrition et métabolisme, J-F. Morot-Gaudry, F.Moreau, 2012, éd. Dunod

Biologie végétale : Croissance et développement, J-F. Morot-Gaudry, R. Prat, 2012, éd. Dunod

Biologie végétale, J-C.Laberche, (2010), éd. Dunod

BIOLOGIE CELLULAIRE 2

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Objectif : 

Comprendre le fonctionnement intracellulaire et les relations entre la cellule et son environnement

Contenu :

Tri et transport vésiculaire

Adressage des protéines

Transduction du signal

Adhérence cellulaire

Cycle cellulaire et sa régulation

Apoptose

Compétences :

Maîtrise du fonctionnement cellulaire et des méthodes expérimentales permettant de l’appréhender

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Responsable de l’UE : Nacira Merchermek, nacira.merchermek@univ-pau.fr

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Biblio-/Webo- graphie :

Alberts, Bruce M. ; Bray, Dennis.  L’essentiel de la biologie cellulaire : introduction à la biologie moléculaire de la cellule  . Paris : Médecine-sciences Flammarion, cop. 1999. 1 vol. (XXII-630-110 p.). ISBN 2-257-15117-8

Callen, Jean-Claude ; Perasso, Roland.  Biologie cellulaire : Des molécules aux organismes.  2e édition. Paris, France : Dunod, 2005. 512 p. ISBN I978-2-10-049236-7

Robert, Daniel ; Vian, Brigitte.  Éléments de biologie cellulaire  .  4e édition. Rueil-Malmaison : Doin, impr. 2013, cop. 2013. 1 vol. (XVI-446 p.). ISBN 978-2-7040-1374-6

TRAITEMENT STATISTIQUE DES DONNEES 1

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Objectif : 

Application des notions de base de la statistique descriptive (graphes, tableaux et indicateurs numériques) et inférentielle (intervalles de confiance, tests d’hypothèses) afin de résoudre un problème statistique.

Contenu :

Les notions de statistique descriptive et inférentielle vues du S1 au S3 sont mises en application à l’aide d’un tableur et du logiciel R pour le traitement statistique de jeux de données biologiques.

L’intégralité de l’enseignement se fait dans une approche par projet, en groupes de 5-6 étudiants. Ce travail abouti à la rédaction collective d’un rapport sur lequel les étudiants sont évalués. Une évaluation individuelle du travail fourni, ainsi qu’une évaluation individuelle des compétences acquises, complètent le contrôle continu.

Compétences :

Comprendre les modalités de récolte d’un jeu de données fourni par une tierce personne.

Expliquer un protocole expérimental/d’échantillonnage.

Traduire un problème biologique en analyse statistique.

Mettre en œuvre les notions acquises du S1 au S3 pour l’analyse d’un jeu de données.

Rédiger des méthodes et résultats statistiques en respectant les conventions scientifiques.

Interpréter les résultats d’une analyse statistique.

Rédiger une bibliographie

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Responsable de l’UE : Charlotte Récapet, charlotte.recapet@univ-pau.fr

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Biblio-/Webo- graphie :

ANGLAIS

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Objectif : 

Acquérir une langue pratique et vivante dans un but professionnel à caractère scientifique.

Contenu :

Etude de documents à tendance scientifique authentiques ou adaptés pour

• un entraînement à la compréhension écrite.
• Susciter la prise de parole aussi souvent que possible en choisissant des sujets déclencheurs. Travail sur la phonétique et l’intonation, en laissant toutefois la priorité à la production orale motivée même imparfaite…
• L’acquisition du vocabulaire scientifique de base (étude systématique, traduction…)

Renforcer les connaissances grammaticales (retour sur quelques notions fondamentales.)

Compétences :

Expression écrite et orale en anglais de spécialité.

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Responsable de l’UE : Olivier Hofmann, olivier.hofmann@univ-pau.fr

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Biblio-/Webo- graphie :

PEP’S 2

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Objectif : 

Contenu :

• Participer à une conférence générale sur l’orientation.
• Utiliser l’espace documentaire thématique disponible sur Elearn pour s’informer sur les métiers, la poursuite d’études, la formation, l’insertion professionnelle, …
• Répertorier ses compétences acquises au sein de la formation ou au cours d’expériences personnelles et professionnelles via le portefeuille d’expériences et de compétences (PEC).
• Rédaction d’un projet d’études et définition d’un plan d’action
• Entretien individuel avec le directeur des études

Compétences :

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Responsable de l’UE : Faustine Bacchus, faustine.bacchus@univ-pau.fr

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Biblio-/Webo- graphie :

UE transverse S4

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Objectif : 

Contenu :

Selon UE transverse choisie.

Compétences :

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Responsable de l’UE : Selon UE transverse choisie.

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Biblio-/Webo- graphie : Selon UE transverse choisie.

BIOLOGIE DE LA CONSERVATION

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Objectif :

Montrer comment la science répond au défi de perte de la biodiversité, ainsi qu’à l’altération de la structure et du fonctionnement des populations et des écosystèmes. Comprendre les enjeux et les conséquences des pratiques de conservation.

Contenu :

1. Introduction à la biologie de la conservation
2. Biodiversité
3. Perte de la biodiversité
4. Persistance des populations – Facteurs évolutifs
5. Persistance des populations – Facteurs démographiques
6. Où et quoi conserver ?

Compétences :

Acquérir les connaissances de base (vocabulaire, principes et méthodes) en biologie de la conservation/restauration

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Responsable de l’UE : Matthias Vignon, matthias.vignon@univ-pau.fr

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Biblio-/Webo- graphie :

Sciences de la conservation (2014). M. Gauthier-Clerc et al. De Boeck (346 p.)

Biologie de la conservation (2012). R. B. Primack et al. Dunod (359 p.)

Gestion des habitats naturels et biodiversité (2007). J-B. Bouzillé. Tec & Doc (331 p.)

ETHOLOGIE 2

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[Attention, cette UE optionnelle ne sera pas ouverte en 2024-2025]

Objectif : 

Réaliser une étude sur un comportement animal

Contenu :

Cette UE est complémentaire à l’UE « éthologie1 ». Elle consiste à appliquer les méthodes vue en « éthologie 1 » à une problématique choisie par l’étudiant. Celui-ci doit identifier une question pertinente, puis mettre en place et réaliser des observations du comportement. A la fin du semestre, il rend compte de son travail dans un document écrit présentant l’origine du thème de recherche, les méthodes employées et les résultats obtenus. Le travail est individuel et en dehors des heures de cours. L’étudiant peut demander conseil au responsable de l’UE lors de la réalisation de son projet.

Compétences :

Méthodes d’étude scientifique et signification biologique des comportements documentés.

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Responsable de l’UE : Cédric Tentelier, cedric.tentelier@univ-pau.fr

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Biblio-/Webo- graphie :

McFarland, David.  Le comportement animal : psychobiologie, éthologie et évolution  .  3e édition. Bruxelles : De Boeck, DL 2009, cop. 2009. 1 vol. (613 p.). ISBN 978-2-8041-0709-3

Giraldeau, Luc-Alain ; Dubois, Frédérique.  Le comportement animal : cours, méthodes et questions de révision  .  2e édition. Paris : Dunod, DL 2015, cop. 2015. 1 vol. (XII-242 p.). ISBN 978-2-10-072360-7

Ecologie comportementale, de E. Danchin, L.A. Giraldeau, F. Cézilly

SCIENCES ENVIRONNEMENTALES

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Objectif : 

A la croisée entre différents champs disciplinaires tels que la chimie, la biologie, les sciences de la Terre ou encore la santé, l’enseignement dispensé dans l’UE Sciences Environnementales traite des problématiques environnementales liées aux activités humaines. Cet enseignement permet d’aborder la nature et l’impact des rejets de contaminants dans l’environnement en lien avec l’urbanisation et les pratiques industrielles, agricoles, d’élevage et de la santé. Les exemples traités concernent des problématiques locales (estuaire de l’Adour, estuaire de la Gironde…) et globale (e.g. réchauffement climatique, cycles géochimiques) pour des contaminants historiques (cadmium, mercure, plomb, pesticides…) et émergents (nanoparticules, muscs…). Des méthodes permettant de retracer l’évolution historique des activités humaines à travers l’enregistrement dans les sols ou dans des organismes aquatiques sont abordées en regard avec l’évolution des réglementations et des besoins de la société. Le comportement des contaminants dans l’environnement est étudié en fonction de leurs propriétés physico-chimiques. Les notions de concentration dans le milieu et les organismes, de transformations abiotique et biotique et de transfert entre les différents compartiments de l’environnement permettent de quantifier les sources, d’estimer l’impact des polluants sur l’environnement et de communiquer sur les risques potentiels.

Contenu :

Notions de base en environnement (Compartiments, principaux polluants, sources, cycles)

Propriétés physico-chimiques des polluants (solubilité, pression de vapeur, constante de Henry, Kow, Ka)

Réactivité des polluants dans l’environnement (transport, dispersion, persistance, transformation, décomposition, bioaccumulation, toxicité)

Calcul de flux (d’eau, de matière, de contaminant) entre les différents compartiments (sédiment, sol, eau, atmosphère…)

Stratégie d’observation de l’environnement, d’échantillonnage et d’expérimentation

Compétences :

A partir d’exemples et d’exercices, les étudiants seront sensibilisés à la nécessité d’intégrer les différents domaines des sciences pour qualifier la qualité d’un milieu et comprendre le comportement des contaminants. Ils développeront les compétences suivantes :

Analyser, comparer et quantifier des données sur la composition de l’eau, des sédiments et des organismes

Interpréter des graphiques

Communiquer des résultats (Synthèse de données de chimie, biologie, géologie et écotoxicologie)

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Responsable de l’UE : Laurent Lanceleur, laurent.lanceleur@univ-pau.fr

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Biblio-/Webo- graphie :

CHIMIE ORGANIQUE 2

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Objectif : 

Acquérir les connaissances de base dans le domaine des propriétés chimiques des principales fonctions en chimie organique et des mécanismes réactionnels correspondants.

Contenu :

– Substitutions nucléophiles et éliminations : dérivés halogénés et alcools

– Les alcènes et alcynes : additions électrophile et radicalaire

– Les composés aromatiques : substitution électrophile

– Les organomagnésiens

– Les aldéhydes et cétones : addition nucléophile

– Les amines, les acides carboxyliques et leurs dérivés

Compétences :

Savoir utiliser les concepts et les méthodes de raisonnement propres à la chimie organique pour résoudre un problème de synthèse

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Responsable de l’UE : Florence Niquet, florence.niquet@univ-pau.fr

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Biblio-/Webo- graphie :

ENSEIGNEMENT SCIENTIFIQUE EN ECOLE

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Objectif :

Elaboration et mise en œuvre par l’étudiant, en concertation avec le professeur des écoles qui l’accueille (le maître de stage), d’un projet de communication et de vulgarisation scientifique à l’attention des élèves d’une classe du primaire.

Contenu :

Cette UE consiste à réaliser un stage fractionné et conventionné dans une Ecole primaire. A la fin du semestre l’étudiant rédigera un rapport de 5 à 10 pages précisant sa motivation, présentant l’établissement d’accueil, le projet proprement dit, sa préparation, son organisation et son déroulement et enfin son bilan personnel. De plus l’étudiant devra effectuer une présentation orale de 20 minutes environ (15 minutes de présentation + 5 minutes de questions) devant un jury composé du responsable de l’année de formation, du responsable de l’unité d’enseignement et du maître de stage.

Compétences :

Concevoir et mettre en place des animations scientifiques destinées aux élèves du primaire

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Responsable de l’UE : Jean-Michel Stril, jmstril@gmail.com

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Biblio-/Webo- graphie :

STAGE EN ENTREPRISE

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Objectif :

Faire découvrir le fonctionnement d’une entreprise, les secteurs d’activités dans lesquels s’inscrit l’activité de l’entreprise et les différentes fonctions occupées par le personnel. L’étudiant devra également s’insérer dans le groupe et participer au mieux à la vie de l’entreprise.

Contenu :

Le stage, conventionné,  peut s’effectuer soit par anticipation dans la période d’été entre la 1ère et la deuxième année, soit au cours du 3^ème semestre. La durée minimale est de 2 semaines et la durée maximale est de 4 semaines.

Au retour du stage, l’étudiant rédigera un rapport d’activité et effectuera une présentation orale de 30 minutes environ (15 minutes de présentation + 15 minutes de questions) devant un jury composé du responsable de l’année de formation, du responsable de l’unité d’enseignement et du Maître de stage en entreprise.

Compétences :

S’insérer dans une équipe de travail et mettre en application les compétences théoriques acquises

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Responsable de l’UE : Faustine Bacchus, faustine.bacchus@univ-pau.fr

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Biblio-/Webo- graphie :