Semestre 3

BIOCHIMIE

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Objectif :

Connaître la structure et les fonctions des macromolécules biologiques, les voies principales du métabolisme intermédiaire et le mode de fonctionnement des enzymes

Contenu :

Structure, propriété et fonction des molécules biologiques (protéines, glucides, lipides, acides nucléiques)

Bioénergétique (variation d’énergie libre, potentiels d’oxydo-réduction, couplages énergétiques)

Métabolisme énergétique (glycolyse et fermentations, oxydation des acides gras, cycle de Krebs, chaîne respiratoire et phosphorylation oxydative)

Enzymologie (catalyse et cinétique enzymatiques, inhibiteurs compétitifs, non compétitifs et incompétitifs, allostérie)

Compétences :

Reconnaître les molécules biologiques. Maîtriser le principe des méthodes analytiques de la biochimie. Prédire le sens des réactions biochimiques. Mesurer l’activité des enzymes.

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Responsable de l’UE : Faustine Bacchus,  05 59 57 44 85,  faustine.baccus@univ-pau.fr

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Biblio-/Webo- graphie :

Berg, Jeremy Mark ; Tymoczko, John L.  Biochimie  .  7e édition. Paris : Médecine Sciences Publications-Lavoisier, DL 2013, cop. 2013. 1 vol. (XXXII-1054-134 p.). ISBN 978-2-257-20427-1

Harper, Harold Anthony.  Biochimie de Harper  .  5e édition. Bruxelles : De Boeck, DL 2013, cop. 2013. 1 vol. (XII-848 p.). ISBN 978-2-8041-7561-0

Weil, Jacques-Henry.  Biochimie générale : cours et questions de révision  .  11e édition. Paris : Dunod, impr. 2009. 1 vol. (XXII-760 p.). ISBN 978-2-10-053010-6

Principles of Biochemistry

ECOLOGIE DES POPULATIONS

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Objectif : 

Comprendre les bases de la dynamique des populations et illustrer quelques aspects de la biologie des populations.
Contenu :

Partie I : Dynamique des populations

La croissance exponentielle (parcimonie, temps continu, temps discret)

La croissance logistique (régulation densité-indépendante et densité-dépendante, temps continu, temps discret)

Les modèles structurés en classes (suivi de cohortes : fécondité, survie, cycles de vie, modèle dynamique matriciel)

Partie II : Biologie des populations

L’effort reproducteur (survie/fécondité, syndromes r et K, traits d’histoire de vie, des phénotypes adaptés)

Le sex ratio : importance écologique

La dispersion (coûts et bénéfices évolutifs ; causes proximales, génétiques et environnementales ; conséquences sur le fonctionnement de la population)

Compétences :

Capacité à comprendre et à produire une formalisation mathématique (modèles) de la réalité biologique.

Capacité à faire le lien entre des phénomènes observables à deux niveaux d’organisation du vivant : phénotypes individuels et dynamique et évolution des populations

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Responsable de l’UE : Frank D’Amico,   05 59 57 44 59,  frank.damico@univ-pau.fr

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Biblio-/Webo- graphie :

Ricklefs, Robert E ; Miller, Gary Leon.  Ecologie  . Bruxelles : De Boeck, DL 2005, cop. 2005. 1 vol. (XXII-821 p.). ISBN 2-7445-0145-X

BIOLOGIE MOLECULAIRE

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Objectif : 

Connaître et comprendre l’organisation et le fonctionnement des génomes.

Contenu :

Organisation, expression et régulation de l’information génétique :

Organisation de l’information génétique chez les procaryotes et les eucaryotes (structure des chromosomes)

• Réplication de l’ADN (analyse expérimentale du processus)
• Transcription (promoteurs, élongation, terminateurs, ARN polymérases)
• Traduction (analyse fonctionnelle du processus, code génétique)

Régulation de l’expression des gènes (opéron lactose, répression catabolique, atténuation, les différents niveaux de régulation eucaryotes)

Compétences :

Maîtrise des concepts fondamentaux de la biologie moléculaire. Connaissance des méthodes expérimentales qui ont permis de les établir.

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Responsable de l’UE : Faustine Bacchus,  05 59 57 44 85,  faustine.baccus@univ-pau.fr

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Biblio-/Webo- graphie :

Lodish, Harvey ; Berk, Arnold.  Biologie moléculaire de la cellule  .  4e édition. Bruxelles : De Boeck, DL 2014, cop. 2014. 1 vol. (XXXV-1154-49 p.). ISBN 978-2-8041-8471-1

http://www.dnaftb.org

http://www.chups.jussieu.fr/polys/biochimie/BMbioch/index.html

BIOSTATISTIQUE 2

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Objectif : 

Acquérir des notions de probabilités conditionnelles et maîtriser la statistique descriptive et inférentielle appliquée à un ou deux échantillons.

Contenu :

Probabilités

• Probabilités conditionnelles
• Indépendance
• Loi de Bayes

Statistique descriptive bivariée à l’aide d’un tableur et d’un logiciel statistique (logiciel R)

• Tableaux de contingence
• Représentations graphiques bivariées
• Calcul d’indicateurs numériques pour différentes sous-partie d’un jeu de données

Statistique inférentielle

• Tests de comparaison d’une valeur observée à une valeur théorique (moyenne, variance, proportion)
• Test d’adéquation à la loi normale
• Intervalles de confiances d’une différence de moyennes et de proportions

Tests de comparaison de deux valeurs observées (moyenne, variance, proportion)

Compétences :

Utiliser le formalisme des probabilités conditionnelles pour décrire une situation réelle.

Apporter des réponses chiffrées à des questions de probabilités conditionnelles.

Décrire et analyser un variable qualitative ou quantitative observée dans un échantillon.

Comparer une variable qualitative ou quantitative entre deux échantillons.

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Responsable de l’UE : Charlotte Récapet,   05 59 57 42 66,  charlotte.recapet@univ-pau.fr

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Biblio-/Webo- graphie :

ANGLAIS

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Objectif : 

Acquérir une langue pratique et vivante dans un but professionnel à caractère scientifique.

Contenu :

Etude de documents à tendance scientifique authentiques ou adaptés pour

• un entraînement à la compréhension écrite.
• Susciter la prise de parole aussi souvent que possible en choisissant des sujets déclencheurs. Travail sur la phonétique et l’intonation, en laissant toutefois la priorité à la production orale motivée même imparfaite…
• L’acquisition du vocabulaire scientifique de base (étude systématique, traduction…)

Renforcer les connaissances grammaticales (retour sur quelques notions fondamentales.)

Compétences :

Expression écrite et orale en anglais de spécialité.

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Responsable de l’UE : Marcela Angel,   05 59 57 44 58,  marcela.angel@univ-pau.fr

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Biblio-/Webo- graphie :

UE libre S3

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Objectif : 

Contenu :

Selon UE libre choisie.

Compétences :

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Responsable de l’UE : Selon UE libre choisie.

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Biblio-/Webo- graphie : Selon UE libre choisie.

BIOLOGIE EVOLUTIVE 1

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Objectif :

Comprendre les concepts de bases en biologie évolutive pour les appliquer à tous les domaines de la biologie

Contenu :

1. Macroévolution : raconter l’histoire de la biodiversité spécifique

– construction de phylogénies : types de données, méthodes cladistiques, méthodes phénétiques

– lecture de phylogénies : identifier les facteurs liés à la dynamique de la biodiversité

– mécanismes de spéciation : isolement reproducteur pré- et post-zygotique, spéciation allopatrique, péripatrique, parapatrique, sympatrique

2. Microévolution : les forces évolutives œuvrant au sein des espèces

– quantifier la variabilité phénotypique intraspécifique

– quantifier l’héritabilité

– une espèce sans évolution : le modèle nul de Hardy & Weinberg

– évolution au hasard : la dérive génétique

– évolution déterministe : la sélection naturelle

Compétences :

Construire et lire des phylogénies à partir de données anatomiques ou moléculaires. Décrire et quantifier les forces évolutives affectant la biodiversité. Appliquer une perspective évolutive aux phénomènes biologiques.

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Responsable de l’UE : Cédric Tentelier, 05 59 57 44 47, cedric.tentelier@univ-pau.fr

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Biblio-/Webo- graphie :

Ridley, Mark.  Evolution biologique  . Paris : De Boeck Université, cop. 1997. 1 vol. (XXIII-719 p.). ISBN 2-8041-2111-9

Biologie évolutive  . Bruxelles : De Boeck, DL 2010, cop. 2010. 1 vol. (XXII-814 p.). ISBN 978-2-8041-0161-9

PERCEPTION SENSORIELLE DE L’ENVIRONNEMENT

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Objectif :

Aborder la perception sensorielle chez les animaux terrestres et les différents modes de communication.

Contenu :

Perception chimique :

– Production et mécanismes de perception de substances chimiques

– Communication chimique et comportement.

Perception sonore :

– Production et mécanismes de perception des sons

– Communication sonore et comportement.

Perception tactile :

– Mécanismes de perception des vibrations, du toucher, de la vitesse et des mouvements.

– Communication tactile et comportement.

Perception visuelle :

– Mécanismes de perception des signaux visuels.

– Communication visuelle et comportement.

Compétences :

Connaissances de base en physiologie sensorielle chez les animaux. Capacité à comprendre en quoi la perception sensorielle permet à l’animal d’interagir avec son environnement.

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Responsable de l’UE : Valérie Bolliet,   05 59 57 44 46,  valerie.bolliet@univ-pau.fr

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Biblio-/Webo- graphie :

Tanzarella, Stéphane.  Perception et communication chez les animaux  . Bruxelles : De Boeck, DL 2006, cop. 2006. 1 vol. (334 p.). ISBN 978-2-8041-4896-6

GEOLOGIE 3

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Objectif : 

Acquérir des connaissances dans des champs ( : métamorphisme et géodynamique interne) complémentaires de ceux développés dans l’UE Géologie 2 de L1 S2 ( : phénomène sédimentaire et magmatisme), afin de développer une vision globale de la dynamique du globe.

Approfondir les connaissances en hydrogéologie (initiée dans l’UE Géologie 1 de L1 S1) dans une optique de sensibilisation aux enjeux liés aux ressources en eau.
Contenu :

Déformation et métamorphisme de la lithosphère

Données pétrogénétiques et structurales (macro et microstructures), paragenèses, faciès métamorphiques, chemins P-T

Séries métamorphiques, métamorphisme de contact, métamorphisme régional

Mouvements tectoniques et géodynamique interne

Chaleur interne, conduction, convection, subduction, collision, accrétion océanique

Evolution actuelle du modèle de la convection mantellique

Hydrogéologie (niveau 2)

Données quantitatives, géochimiques, transferts de polluants (eaux de surface et souterraines), protection des ressources

Compétences :

Interpréter des données pétrologiques et structurales pour reconstituer l’histoire d’une roche à travers son métamorphisme

Intégrer les données issues de différentes disciplines (sismologiques, géochimiques,…) pour établir le modèle de la dynamique interne du globe

Identifier les causes de fragilisation et de pollution des ressources en eaux, connaître les modalités de prévention et de protection de ces ressources

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Responsable de l’UE : Dorothée Sassier, 05 59 57 44 85, dorothee.sassier@univ-pau.fr

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Biblio-/Webo- graphie :

Géologie : Objets, méthodes et modèles, Dercourt J., Paquet J.,2006 – Dunod éditions

Eléments de géologie, 15^e édition du pomerol, Renard M., Lagabrielle Y., Martin E., Rafelis Saint Sauveur M. (2015) Dunod éditions

Hydrogéologie : objets, méthodes, applications, Gili E., Mangan C., Mudry J-N., (2012) Dunod édition

GEOLOGIE 4

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Objectif :

Réinvestir les compétences acquises dans les UE de Géologie précédentes (Géologie 1, 2 et 3) dans les domaines sédimentaires, magmatiques, métamorphiques et géodynamiques pour comprendre l’évolution des grands ensembles structuraux

Appréhender les liens unissant l’évolution de la géosphère, du climat et de la Vie sur Terre.

Contenu :

Grands ensembles structuraux

étude de l’histoire de quelques exemples de grands ensembles structuraux régionaux (bassin sédimentaire, chaîne de montagne…)

Cartographie (niveau 3)

En lien avec l’étude des grands ensembles structuraux, établissement de schémas structuraux à partir d’analyses cartographiques.

Evolution conjointe Terre-Biosphère-Climat

Les grandes étapes de l’évolution géologique et climatique de la Terre (ouvertures et fermetures océaniques, orogenèses…) et l’évolution conjointe de la biosphère (crises biologiques,…).

Notions de paléogéographie : reconstitution des paysages passés (indices stratigraphiques, fossiles, ichnofaciès…)

Les cycles biogéochimiques et leur perturbation par l’Homme

Compétences :

Intégrer les données issues de différents champs de la géologie pour reconstituer l’histoire d’une province géologique

Réaliser un schéma structural à partir de données cartographiques

Reconstituer un environnement passé

Identifier et quantifier les perturbations actuelles des cycles biogéochimiques d’origine anthropique

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Responsable de l’UE : Dorothée Sassier, 05 59 57 44 85, dorothee.sassier@univ-pau.fr

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Biblio-/Webo- graphie :

Géologie : Objets, méthodes et modèles, Dercourt J., Paquet J.,2006 – Dunod éditions

Eléments de géologie, 15^e édition du pomerol, Renard M., Lagabrielle Y., Martin E., Rafelis Saint Sauveur M. (2015) Dunod éditions

Évolution de la biosphère et événements géologiques, F.Lethiers, Francis, Amsterdam : Gordon and Breach Science, Paris ; Ed. des archives contemporaines, cop. 1998

CHIMIE DES SOLUTIONS 2

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Objectif : 

L’objectif de l’enseignement est l’acquisition de connaissances fondamentales en chimie des solutions aqueuses. La maîtrise des équilibres élémentaires de la chimie des solutions et de la chimie analytique permet d’appréhender la chimie de milieux plus complexes comme les milieux naturels (écosystèmes aquatiques, milieux physiologiques…).

Ainsi, cet enseignement a pour objectif la maîtrise des outils scientifiques permettant de comprendre, d’analyser et de prévoir l’évolution de la composition physico-chimique d’un milieu aqueux. Les applications de cet enseignement sont ainsi très diverses et l’on peut citer, par exemple, la chimie des eaux naturelles, la chimie environnementale, le traitement des eaux, la chimie industrielle, le stockage d’énergie (énergies renouvelables), la dissolution des roches, la corrosion, ainsi que des applications dans le milieu médical ou pharmaceutique.
Contenu :

Le contenu de l’enseignement se répartit sur les deux premières années universitaires (L1PC et L2PC). Le contenu du programme de L2PC est le suivant :

. Les équilibres de complexation ;

. Les équilibres de précipitation – dissolution ;

. Les diagrammes Potentiel – pH (diagrammes de Pourbaix) – Application aux études de corrosion uniforme ;

. La potentiométrie à courant nul.

Compétences :

Maîtriser les équilibres élémentaires de la chimie des solutions et de la chimie analytique ;

Prévoir les réactions acido-basiques et d’oxydo-réduction en solution aqueuse ;

Savoir calculer le pH et le potentiel rédox d’une solution aqueuse à l’équilibre ;

Comprendre et interpréter un dosage complexométrique ou un dosage par précipitation.

Comprendre et prévoir la corrosion uniforme d’un matériau.

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Responsable de l’UE : Beñat Delanghe,   05 59 57 44 14,  bernard.delanghe@univ-pau.fr

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Biblio-/Webo- graphie :

Kotz, John C. ; Treichel, Paul M.  Chimie des solutions  . Bruxelles : De Boeck, DL 2006. 1 vol. (XII-358 p.). ISBN 978-2-8041-5232-1

Fabre, Paul-Louis.  Chimie des solutions : résumés de cours et exercices corrigés  .  Nouvelle édition. Paris : Ellipses, DL 2010. 1 vol. (262 p.). ISBN 978-2-7298-5429-4

INFORMATIQUE ET CERTIFICATION PIX

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Objectif :

Donner des compétences dans le domaine des technologies de l’information et de la communication et être capables de faire évoluer ces compétences en fonction des développements technologiques. préparation à la certification PIX

Contenu :

– notions de base sur le matériel informatique

– système d’exploitation (windows)

– notions de base sur la protection d’un ordinateur (antivirus, pare-feu …)

– les principaux outils bureautiques (word, excel).

Compétences :

Maîtriser les outils informatiques de bureautique.

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Responsable de l’UE : Ernesto Exposito, 05 59 57 44 51, ernesto.exposito@univ-pau.fr

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Biblio-/Webo- graphie :

STAGE EN ENTREPRISE

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Objectif :

Faire découvrir le fonctionnement d’une entreprise, les secteurs d’activités dans lesquels s’inscrit l’activité de l’entreprise et les différentes fonctions occupées par le personnel. L’étudiant devra également s’insérer dans le groupe et participer au mieux à la vie de l’entreprise.

Contenu :

Le stage, conventionné,  peut s’effectuer soit par anticipation dans la période d’été entre la 1ère et la deuxième année, soit au cours du 3^ème semestre. La durée minimale est de 2 semaines et la durée maximale est de 4 semaines.

Au retour du stage, l’étudiant rédigera un rapport d’activité et effectuera une présentation orale de 30 minutes environ (15 minutes de présentation + 15 minutes de questions) devant un jury composé du responsable de l’année de formation, du responsable de l’unité d’enseignement et du Maître de stage en entreprise.

Compétences :

S’insérer dans une équipe de travail et mettre en application les compétences théoriques acquises

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Responsable de l’UE : Faustine Bacchus,   05 59 57 44 85,  faustine.bacchus@univ-pau.fr

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Biblio-/Webo- graphie :

BASES DE DONNEES

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Objectif :

Création et gestion des bases de données sous MS Access.

Création de requêtes

Contenu :

– Initiation : gestion de bases de données « basiques » avec Excel (filtres et fonctions appliquées aux bases de données)

– les tables et l’importation de données

– les relations et les contraintes d’intégrités

– les formulaires

– les requêtes sélections.

– les requêtes analyses croisées

– les requêtes de suppression, de mises à jour et d’ajout

– les fonctions (moydom, maxdom …)

– les états

Compétences :

Maîtrise de la gestion informatique de grandes quantités de données

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Responsable de l’UE : Sylvère Besse, 05 59 57 44 51, sylvere.besse@univ-pau.fr

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Biblio-/Webo- graphie :